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La modalidad del programa de maestría es escolarizado y orientado a la investigación interdisciplinaria, descrita en las líneas de generación y aplicación del conocimiento y ofertadas en los cursos optativos. Estas líneas se constituyen siguiendo la lógica de la integralidad: está representada en ellas la esencia del trabajo colegiado de los Cuerpos Académicos, las Academias y cada uno de los programas educativos divisionales. Es decir, a diferencia de los demás programas en Ciencias Sociales, las líneas de investigación aquí constituidas no definen áreas disciplinarias sino problemáticas sociales convergentes en las que interactúan distintas disciplinas en un sentido de integración.
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La interacción de pares académicos interdisciplinares se realizará a lo largo del programa en espacios educativos específicos en dos modalidades: La primera consiste en la invitación que realiza el maestro encargado del espacio educativo Tópicos de investigación social a pares que llevan a cabo proyectos mono o interdisciplinarios con reconocimiento de CONACYT o PROMEP, para que los alumnos conozcan, critiquen o propongan niveles interacción multidisciplinaria, como se lleva en la práctica. La segunda corresponde a la integración del grupo de sinodales encargado de revisar los avances del proyecto de investigación del maestrante, en el espacio educativo Seminario de Titulación: Se ha previsto que por lo menos dos de los tres lectores del proyecto de investigación provengan de dos disciplinas distintas a aquella de la que proviene el director de tesis.
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El eje integrador tiene como espacio educativo principal Pensamiento Integrador. En este espacio el alumno adquiere conocimientos acerca de las estrategias, posibilidades, horizontes ideales y resistencias vinculadas a la creación de proyectos de investigación donde coinciden más de dos disciplinas. En el espacio Seminario de Titulación I se concretizan esta contextualización al garantizarse el concurso de por lo menos dos disciplinas, en el planteamiento del problema y en el marco teórico referencial del proyecto de tesis de maestría.