1. La modalidad del programa de doctoral es tutorial y orientado a la investigación interdisciplinaria, descrita en las líneas de generación y aplicación del conocimiento y ofertadas en los cursos optativos. Estas líneas se constituyen siguiendo la lógica de la integralidad: está representada en ellas la esencia del trabajo colegiado de los Cuerpos Académicos, las Academias y cada uno de los programas educativos divisionales. Es decir; a diferencia de los demás programas en Ciencias Sociales, las líneas de investigación aquí constituidas no definen áreas disciplinarias sino problemáticas sociales convergentes en las que interactúan distintas disciplinas en un sentido de integración.
2. La interacción de pares académicos interdisciplinares se realizará a lo largo del programa en espacios educativos específicos del eje integrador, a través de la integración del grupo de sinodales encargado de revisar los avances del proyecto de investigación del doctorando, en el espacio educativo Seminario de Investigación: Se ha previsto que por lo menos dos de los tres lectores del proyecto de investigación provengan de dos disciplinas distintas a aquella de la que proviene el director de tesis.
3. En el espacio Seminario de Investigación I y II se concretizan esta contextualización al garantizarse el concurso de por lo menos dos disciplinas, en el planteamiento del problema y en el marco teórico referencial del proyecto de tesis de doctorado.

Para lograr el entrenamiento multidisciplinar de los estudiantes, el Posgrado Integral de Ciencias Sociales se articula en tres líneas de investigación que se desprenden de las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento de los Cuerpos Académicos y grupos de investigación de la División de Ciencias Sociales.  Una descripción pormenorizada de las líneas de investigación ayuda a dar cuenta de los temas que son cultivados y sobretodo la manera en que confluyen en ella científicos de distintos ámbitos de especialización.