Los espacios educativos del eje metodológico parten con una introducción del estudiante a los conocimientos epistemológicos y axiológicos de filosofía de la ciencia, al método y conocimiento científico desde la perspectiva del multiplismo crítico. Como se señaló anteriormente, el multiplismo crítico es una aproximación que proclama la utilización de múltiples investigadores, acercamientos teóricos, variables, métodos, modelos causales, e hipótesis rivales. Establece además, la evaluación y la síntesis de la investigación a través de programas de investigación basados en estudios múltiples interconectados, la síntesis de estudios múltiples conducidos en diferentes contextos con medidas diferentes, conducir diferentes análisis para variados set de datos y la utilización de variadas teorías, estrategias metodológicas y modelos y técnicas con perspectiva cuantitativa y cualitativa en la interpretación de los datos.

El multiplismo está relacionado con la selección de varias perspectivas teóricas y metodológicas en una investigación y al multiplismo crítico le concierne el análisis de la selección de estas opciones. Este asume que el conocimiento de las debilidades y fortalezas de las diferentes opciones de investigación pudiera ayudar a implementar otras que las pudiera complementar. Además, sugiere que la formulación de preguntas, el diseño de investigación, la manipulación de los datos, y la interpretación pueden estar bajo el escrutinio de una gran variedad de perspectivas teóricas incluyendo las antagonistas. Esta perspectiva aboca por la pluralidad metodológica y teórica.

Particularmente, los espacios metodológicos cuantitativos proveerán al estudiante de estrategias metodológicas y estadísticas que le permitan atender problemas que involucran relaciones directas e indirectas entre las variables asociadas a la atención de los problemas sociales de interés. Se parte del reconocimiento autocrítico que en las ciencias sociales es muy común que los investigadores trabajen con variables latentes o constructos, que son variables que no se pueden medir directamente. De ahí la importancia que cobra el poder utilizar estrategias como el modelamiento de ecuaciones estructurales.

Por otro lado, el estudiante del Programa de Doctorado en Ciencias Sociales será capaz de identificar y explicar  el fundamento epistemológico para realizar investigación con enfoque cualitativo, a fin de diseñar una investigación en torno a un problema de su interés y en dónde integre diversas áreas del saber con el uso de estrategias metodológicas de corte cualitativo. Adicionalmente, el estudiante de doctorado tendrá la capacidad de integrar elementos conceptuales de los fundamentos del paradigma cualitativo a partir de análisis de la teoría interpretativa, comprensiva, del discurso argumentativo, de significado para la comprensión de su uso metodológico en procesos de identificación, sistematización y análisis de significados desde la perspectiva cualitativa y a partir de generación de conocimiento interdisciplinario aplicado a la solución de problemas sociales y difusión para la trasferencia de sus modelos generados.